Ribo-seq

技術原理

蛋白質是生命活動的主要承擔者，翻譯調控又是細胞內重要的調控方式。翻譯是核糖體讀取mRNA模板來指導蛋白質合成的過程，是基因表達的關鍵步驟。翻譯的過程受到嚴格的調控，很多疾病與翻譯異常相關，比如神經(jīng)退行性疾病、貧血癥和發(fā)育障礙等。雖然核糖體的結構與功能研究的比較透徹，但是對于翻譯過程的調控機理還需要深入研究。

核糖體印跡測序(Ribosome profiling, Ribo-seq)，能夠詳細檢測體內的翻譯狀態(tài)。Ribo-seq的技術核心是識別與核糖體結合的mRNA以及正在被翻譯的約30個核苷酸。對核糖體結合的mRNA片段進行測序，能夠精確記錄核糖體在翻譯過程中的位置。將轉錄組與Ribo-seq數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，可以計算出蛋白質的合成速率。

技術特點

Ribo-seq能夠揭示蛋白合成的時間、地點、位置、哪些蛋白質正在被合成以及蛋白質合成的調控機制。Ribo-seq搭建了從轉錄組學到蛋白質組學之間的橋梁，已經(jīng)廣泛應用在動物、植物和微生物的研究中，用于揭示生長發(fā)育、形態(tài)建成、疾病發(fā)生、逆境脅迫響應的調控機制。

應用方向

Ribo-seq應用于研究轉錄本的翻譯活性、鑒定翻譯起始位點、ORF位置和蛋白質的翻譯調控機制。

Ribo-seq技術已經(jīng)廣泛應用在動物、植物和微生物的研究中，用于揭示生長發(fā)育、形態(tài)建成、疾病發(fā)生、逆境脅迫響應的調控機制?？傊?，Ribo-seq能從基因組水平檢測蛋白質的翻譯狀況，獲得正在翻譯的mRNA序列信息并解析翻譯調控機制。

藍景科信優(yōu)勢

實驗周期快、質量高、結果穩(wěn)定可靠。

豐富的物種經(jīng)驗。

實驗流程

分析內容

標準生信分析

（1）原始數(shù)據(jù)過濾與測序質量評估

（2）比對去除核糖體RNA、tRNA、sRNA等

（3）Reads長度分布統(tǒng)計與長度過濾

（4）比對參考基因組

（5）測序飽和度分析

（6）RF在基因組上的分布統(tǒng)計與分類

（7）三堿基節(jié)律分析

（8）翻譯基因統(tǒng)計與表達量分析

（9）樣本關系分析

（10）組間差異翻譯基因分析

（11）差異翻譯基因的GO和KEGG功能富集分析

Ribo-seq與RNA-seq的聯(lián)合分析

（1）翻譯效率計算

（2）Ribo-seq與RNA-seq的相關性分析

（3）翻譯效率與轉錄水平的關聯(lián)分析

分析流程

實驗案例

送樣要求

（1）細胞樣本：建議送樣量5×106-1×107個。

（2）動物組織樣本：建議送樣量≥300 mg。

（3）植物組織樣本：建議送樣量≥500 mg。

樣本分組

至少2組樣品，包括對照組和實驗組，樣本數(shù)建議：3 Vs 3。

參考文獻

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